Il clima è generalmente caldo, anche se con variazioni notevoli a seconda delle zone.

L’estrema porzione settentrionale del continente ha un clima tipicamente mediterraneo, con estati secche e inverni umidi.
Il resto del Nordafrica presenta un clima desertico o semidesertico, mentre avvicinandosi all’equatore il clima si fa tropicale, e nella zona dell’equatore è molto umido; è qui che si registra il massimo di precipitazioni annuali.

Il clima ritorna desertico o semidesertico nelle zone del Corno d’Africa e del Kalahari, mentre è prevalentemente tropicale nel Madagascar.
Climi di alta montagna si trovano nella zona dell’Altopiano Etiopico e sulle vette più alte come il Kilymangiaro e il Ruwenzori.